恶臭假单胞菌Pseudomonas putida
生物学分类Biota / 生物区Bacteria / 细菌域Eubacteria / 真细菌界Hydrobacteria / 水细菌亚界Proteobacteria / 变形菌门Gammaproteobacteria / γ-变形菌纲Pseudomonadales / 假单胞菌目Pseudomonadaceae / 假单胞菌科Pseudomonas / 假单胞菌属Pseudomonas putida / 恶臭假单胞菌
中文学名
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简介
  该菌显示出环境修复、工业催化及废水处理等潜力,例如降解石油烃类污染物、硝酸盐等。研究显示其菌体干重含磷量可达9.89%,具有显著聚磷特性。   详细资料待补充。
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  以下摘自《ALA》,由ClaudeAI翻译:   Pseudomonas putida/恶臭假单胞菌是一种革兰氏阴性、杆状、腐生土壤细菌。它具有多样化的代谢能力,且易于进行基因操作,使其成为研究、生物修复以及化学品和其他化合物合成中常用的生物。   美国食品药品监督管理局(FDA)已将恶臭假单胞菌菌株KT2440列为宿主-载体系统安全级别1认证(HV-1),表明使用时无需任何额外预防措施。因此,在许多研究实验室中,使用恶臭假单胞菌比使用其他一些铜绿假单胞菌属物种更可取,例如机会致病菌   经济价值:生物修复   野生型恶臭假单胞菌的多样化代谢可用于生物修复;例如,实验室已证明它可作为土壤接种剂来修复萘污染的土壤。   恶臭假单胞菌能够将苯乙烯油转化为生物可降解塑料PHA。这可能在有效回收聚苯乙烯泡沫(原本被认为不可生物降解)方面有所帮助。   生物防治   恶臭假单胞菌已显示出潜在的生物防治特性,是植物病原体如Pythium aphanidermatumFusarium oxysporum f.sp. radicis-lycopersici的有效拮抗剂。   Pseudomonas alloputida KT2440基因组的寡核苷酸使用特征   二至五核苷酸的使用和最丰富的八至十四核苷酸列表是细菌基因组特征的有用度量。恶臭假单胞菌 KT2440染色体具有链对称性和互补寡核苷酸的链内平等特征。每个四核苷酸在两条链上出现的频率相似。四核苷酸的使用受G+C含量和物理化学限制的影响,如碱基堆积能量、二核苷酸螺旋扭转角度或三核苷酸弯曲性。105个具有非典型寡核苷酸组成的区域可根据其寡核苷酸使用模式分为水平获得的基因岛、多域基因或核糖体蛋白和RNA等古老区域的类别。物种特异的胞外回文序列是基因组中最常见的重复序列,可用于恶臭假单胞菌菌株的分型。在恶臭假单胞菌的编码序列中,LLL是最丰富的三肽。系统发育基因组学分析将KT2440菌株重新分类为新物种Pseudomonas alloputida。   有机合成   恶臭假单胞菌易于进行基因操作的特性使其能够从各种底物合成众多有机制药和农用化合物。   CBB5和咖啡因消耗   恶臭假单胞菌 CBB5是一种在土壤中发现的非工程野生型菌株,它可以以咖啡因为生存基质,并被观察到能将咖啡因分解为二氧化碳和氨。   历史与系统发育:基于16S rRNA分析,恶臭假单胞菌在分类学上被确认为铜绿假单胞菌属物种(狭义),并与其他几个物种一起被归入以其命名的恶臭假单胞菌群。然而,对整个Pseudomonas/假单胞菌属属的完整基因组进行系统发育基因组学分析清楚地表明,被命名为恶臭假单胞菌的基因组并不形成单系群,而是分散并形成了一个更广泛的进化群(腐生假单胞菌群),该群还包括其他物种,如Pseudomonas alkylphenoliaPseudomonas alloputidaPseudomonas monteiliiPseudomonas cremoricolorataPseudomonas fulvaPseudomonas parafulvaPseudomonas entomophilaPseudomonas mosseliiPseudomonas plecoglossicida以及几个基因组物种(尚未正式定义的新物种)。   一种称为多质粒烃降解假单胞菌的恶臭假单胞菌变种是世界上第一个获得专利的生物。由于它是一个活体生物,该专利引发争议并在具有历史意义的Diamond v. Chakrabarty案件中被提交至美国最高法院,发明者Ananda Mohan Chakrabarty最终胜诉。它表现出非常多样化的代谢能力,包括降解甲苯等有机溶剂的能力。这种能力已被应用于生物修复,即使用微生物降解环境污染物。   基因组学:属于恶臭假单胞菌广泛进化群的63个基因组(根据对整个假单胞菌属属494个完整基因组的系统发育基因组学分析定义)的蛋白质数量和GC含量分别在3748-6780(平均:5197)和58.7-64.4%(平均:62.3%)之间。分析的63个基因组(恶臭假单胞菌群)的核心蛋白质组包含1724个蛋白质,其中只有1个核心蛋白质是该群特有的,这意味着它在所有其他分析的假单胞菌中都不存在。   DNA损伤修复与避免:恶臭假单胞菌基因组指定了在生长静止期修复氧化DNA损伤(氧化鸟嘌呤)的酶,从而避免突变。参与移除碳饥饿状态下恶臭假单胞菌 DNA中氧化鸟嘌呤的酶包括MutY糖基化酶和MutM糖基化酶。恶臭假单胞菌还指定了MutT酶,这是一种焦磷酸水解酶,可将8-氧代dGTP转化为8-氧代dGMP,以防止8-氧代dGTP被复制DNA聚合酶用作底物。
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